MMP-3は滑膜細胞や軟骨細胞が産生し、その特異的基質が軟骨を構成するプロテオグリカンであることから、関節リウマチ（RA）の関節組織破壊に関与する酵素として注目されています。一般的に、RAの病態の進展にともない、滑膜は炎症反応を呈して増殖が起こります。MMP-3は滑膜の増殖にともない滑膜表層細胞で発現・産生され、そのマトリックス分解作用の結果関節破壊をきたすと考えられています。滑膜表層細胞で産生されたMMP-3は、関節液中に貯留し、関節液中のMMP-3は血管やリンパ管を経由して血中に移行し、その血中濃度が上昇すると考えられています。
このようなMMP-3の生体内での挙動より、血中MMP-3は早期のRAの滑膜増殖と関節破壊の予後予測の指標として用いる可能性が示されています。